要換過濾材料：多介質過濾器過濾材料有一定的耗費，必須定期維護，這增加了經營成本。

過濾效率比較有限：相對來說，多介質過濾器的過濾效率比不上一些其他超濾技術，如濾紙。

微生物菌種清處效率不高：多介質過濾器無法有效去除水中的微生物和病原菌，必須配合其他設備運行，如活性氧、游離氯及其紫外線消毒器等。

占地面積大：由于需要容下多種多樣過濾材料，多介質過濾器體積也較大，占地總面積比較多。

必須維護保養：盡管使用方便，但多介質過濾器仍然需要定期的檢查與維護，以確保其正常運轉和過濾效果。

過濾材料挑選需慎重：不同類型的過濾材料針對不同的污染物質有著不同的去除效果，因而，在挑選過濾材料的時候需要按照實際水體開展慎重選擇。

長期性經營成本很有可能比較高：盡管多介質過濾器的初始成本很有可能較低，但是考慮到濾料的拆換和維護保養，長期性經營成本很有可能比較高。

很有可能對周圍環境產生一定影響：多介質過濾器濾料的拆換與處理很有可能會對環境產生一定的影響，應該考慮環境保護要素。